El estrés inducido por el transporte hace que se liberen en el animal glucocorticosteroides y adrenalina, que ocasionan un estado pasajero de inmunodeficiencia, por lo que se favorece el desarrollo de infecciones. Estos mediadores químicos tiene además una influencia directa en el metabolismo de carbohidratos y en la eficiencia circulatoria, por lo que se afecta a maduración de la carne y con esta su calidad, acortando su vida útil.
Si los animales son transportados sin dieta, la contaminación fecal es más intensa; la limpieza y desinfección de los transportes es recomendable, se minimizan contaminaciones entre hatos o parvadas y se disminuye la contaminación llevada a rastros.
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