En los bovinos la contaminación se puede presentar en el retiro de las vísceras en la canal, el trabajador si no tiene la suficiente pericia puede llegar a romper el estomago e intestinos, el contenido ruminal llega a contener Salmonella.
En cerdos es importante mantenerlos sin comer antes del sacrificio para evitar romper el intestino grueso durante el eviscerado, en el colon del cerdo se puede encontrar Salmonella.
La mayor fuente de patógenos de carne de bovino es la piel y el estiércol, la contaminación por piel se encuentra durante el desollado; se han realizado diferentes estudios sobre contaminación de piel de ganado vacuno utilizando diferentes tratamientos químicos, encontraron que al aplicar sulfuro de sodio para depilar porciones de piel de bovino se reducía significativamente el numero de bacterias aerobias, coliformes y E. Coli. Demostraron que la depilación química en la piel de bovino reduce la incidencia de patógenos en el canal y esto puede disminuir la contaminación de E. Coli.
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